火红三岛中最难抓的宝可梦主要集中在炎之岛、闪光岛和雷电岛的稀有栖息地，尤其是火焰鸟、闪电系和光属性特殊宝可梦。这些小家伙不仅出现概率低，还爱用逃跑或自爆技能，建议提前准备足够的喷雾剂和高级球。炎之岛的火焰鸟藏在火山顶，得先解决岩石封锁的谜题；雷电岛的闪电系宝可梦会在雷暴天气随机出现，记得带防麻痹道具；闪光岛的光属性宝可梦只在特定时间现身，比如清晨或黄昏，它们的闪光特效会让捕捉窗口变短。
顺利抓到它们，得先搞定三岛通行证——这需要宝贝们先击败四天王和冠军，再完成正辉给的陨石任务。通行证到手后，记得在背包里装满黄金喷雾器避开低级怪，PP小补剂对付爱用技能的家伙，还有各种属性克制道具。比如炎之岛推荐带水系或岩石系宝可梦压阵，雷电岛备好地面系防电，闪光岛最好有恶系技能打断发光效果。树果森林里能捡到提升捕捉率的绿姆果，千万别错过。
火焰鸟在灯火山最顶层，得用岩石粉碎开路；雷电岛的稀有宝可梦集中在岐波海湾的礁石区，退潮时更容易遇见；闪光岛的素利拍会躲在树果森林深处，得先完成赶走它的支线任务。如果遇到会瞬间移动或自爆的宝可梦，记得先用黑色眼神或特性锁住，带同步特性的宝可梦还能刷性格。有些隐藏宝可梦需要特定天气或时间，比如雷雨天的雷电球群，或者午夜出现的梦妖。
