克苏鲁之眼和克苏鲁之脑是两个标志性的boss，召唤它们需要满足特定条件或使用特定道具。克苏鲁之眼可以通过使用可疑眼球在夜晚手动召唤，可疑眼球由6个晶状体在恶魔祭坛合成。若世界未击败过该boss且玩家生命值超过200、防御值超过10，并有至少4个NPC，克苏鲁之眼每晚有三分之一概率自动生成，系统会提示你感到一个邪恶的存在正注视着你，81秒后boss出现。
克苏鲁之脑的召唤方式有两种，第一种是在猩红世界摧毁3个猩红之心，猩红之心位于猩红之地地下，需要用炸弹或净化粉末破坏。第二种是使用血腥脊椎召唤，血腥脊椎由15个脊椎在血肉祭坛合成。与克苏鲁之眼不同，克苏鲁之脑不会自动生成，必须通过上述方式主动召唤。召唤时需注意必须在猩红生物群落内使用血腥脊椎才能生效。
战斗准备方面，对抗克苏鲁之眼需要搭建多层平台便于走位，推荐使用赫尔墨斯之靴和钩爪提高机动性。该boss分为两个阶段，第一阶段会召唤仆从并直线冲撞，第二阶段瞳孔变为嘴状，攻击频率和速度大幅提升。克苏鲁之脑同样有双阶段，第一阶段会生成20个飞眼怪且本体无敌，必须全部消灭飞眼怪后才能对大脑造成伤害，第二阶段大脑会频繁瞬移冲撞。
击败这两个boss能获得重要资源，克苏鲁之眼掉落魔矿和暗影鳞片，克苏鲁之脑则提供组织样本和猩红矿。组织样本是制作猩红套装的必备材料。首次击败克苏鲁之脑后酒馆老板NPC会生成，为后续游戏进程提供更多可能性。合理利用地形和药水是战胜这两个boss的关键，特别是在专家模式下它们的攻击模式和属性会有所强化。
