像素射击故事模式第二关的核心任务是解救被困船长。船长位于船底的排水仓附近，具体位置需要通过船舱内的楼梯向下攀爬才能到达。上船后应优先进入前方船舱，在地面寻找入口，进入后继续向下探索即可发现船长。救出船长后需前往船头舱完成最终对话才能通关。船上分布有血包和子弹包等补给资源，建议收集后再触发通关条件。
第二关的难点在于船舱内部结构复杂且缺乏明确指引。玩家需注意船舱地面上的隐藏入口，该入口通常被设计为类似检修口的方形盖板。进入下层区域后需留意环境细节，船长被困位置周围有明显的管道和机械装置作为标识。部分玩家可能因忽略地面交互提示而错过关键路径，建议保持视角下移并关注可互动元素。
虽然直接寻找船长是最快通关方式，但合理利用船上资源能显著降低难度。血包通常分布在船舱走廊和上层甲板，子弹包则多出现在武器架或士兵尸体旁。面对敌人时可采用迂回战术，利用船舱狭小空间进行逐个击破。不建议在狭窄区域使用爆炸类武器，避免误伤或引发场景破坏导致路径封锁。
未救出船长时船头舱处于封闭状态，系统会通过界面提示引导玩家优先完成救援。救出船长后需注意跟随其移动轨迹，部分场景会触发敌人增援机制。船头舱的最终对话是强制触发事件，靠近目标区域时建议保持满状态以应对可能发生的遭遇战。通关后仍可返回船舱收集遗漏资源，但部分区域会因剧情推进而关闭。
船长被困位置的选择暗示了船只遭受过内部破坏，排水仓区域的漏水特效和散落工具强化了场景真实感。玩家通过探索过程能自然理解船只背景故事，这种设计避免了生硬的剧情插入。部分路径存在视觉遮挡，调整画面亮度或切换视角有助于发现隐藏通道。
向下攀爬时需对准楼梯交互点，误操作可能导致坠落伤害。救出船长后的返回路线存在时间压力，建议提前记忆关键转折点。敌人AI在狭小空间会采用包抄战术，合理利用场景中的油桶或电箱可制造范围伤害。通关后重新进入关卡时，部分敌人配置和资源点会随机刷新，这为重复游玩提供了变量。
