巡洋舰在无尽的拉格朗日中扮演着承上启下的角色，既能承担部分前排抗伤职责，又能提供可观的输出能力。根据舰船定位不同，巡洋舰可分为防御型、输出型和多功能型三类。防御型如ST59级和乌拉诺斯之矛级适合搭配高输出战列巡洋舰或航母，形成攻守兼备的舰队核心；输出型如艾奥级和卡利斯托级则需要与奇美拉级等肉盾舰船配合，确保其生存环境；多功能型如猎兵级载机巡洋舰则需搭配特定护航艇或战机以发挥载机优势。
巡洋舰的站位选择直接影响舰队整体效能。前排巡洋舰如乌拉诺斯之矛级需搭配中后排火力舰船，利用其高护甲值为后排创造输出空间；中排巡洋舰如新君士坦丁大帝级可与前排防御舰船组成经典前排抗伤+中排输出阵容；后排巡洋舰如卡利斯托级鱼雷型则应搭配防空舰船保护其免受敌方战机威胁。舰队移动速度需保持协调，艾奥级等高速巡洋舰（845移速）适合编入快速反应舰队，而ST59等低速单位则应配置在主力推进舰队。
针对不同作战环境，巡洋舰的组队策略需动态调整。对抗高舰载机阵容时，建议搭配光锥级防空巡洋舰或载机巡洋舰；面对战列舰主力时，卡利斯托鱼雷型与艾奥离子炮型的组合能有效克制大型目标；在攻城作战中，KCCPV2.0级攻城巡洋舰需配合FG300装甲型护卫舰提供掩护。特殊区域如高能辐射区只能部署巡洋舰及以上舰种，纯巡洋舰编队反而成为最优解。
后期舰队建设中，巡洋舰的核心价值在于平衡指挥值消耗与战斗力。防御型巡洋舰可通过增援指令临时补充前线，如5艘ST59能显著提升舰队生存能力；输出型巡洋舰则建议保持满编，8艘卡利斯托需占用160指挥值；载机巡洋舰的4个护航艇位应优先搭载蜂巢守卫者等强力单位。需注意巡洋舰与战巡、航母的指挥值分配比例，常规舰队中巡洋舰占比控制在40%-60%为宜。
技术强化方向决定巡洋舰的组队兼容性。艾奥级建议优先点出离子炮冷却和伤害强化，配合闪避提升模块可兼任准前排；ST59级选择能量防御或物理防御模块将改变其克制作战对象；卡利斯托级若强化鱼雷命中率则无需额外配置反导舰船。所有巡洋舰都应至少投入15-20技术点激活核心能力，再根据组队需求专项强化。
